为规范实验室日常管理和运行，实验室组建了管理班子，李大华担任实验室主任，程礼军、张烨担任副主任，曾春林任实验室行政秘书。实验室制定了《管理总则》、《学术委员会工作条例》、《学风建设条例》、《仪器设备管理制度》、《财产管理制度》、《安全管理制度》、《考核考勤制度》等14项管理制度。此外，实验室成立了以王铁冠院士为主任的学术委员会，学术委员由国内高等院校、勘探企业相关领域的知名专家担任，每年定期召开学术委员会会议，审议实验室的目标、任务、研究方向、中长期发展规划，审议实验室的重大学术活动、年度工作，审批开放课题等。实验室运行过程中严格遵照各项管理制度，学术风气良好。

为鼓励科研创新，实验室出台了《学术会议、学术论文及科研成果奖励办法》，实验室每年从运行补助费、主任基金中提取部分资金建立“学术会议、学术论文与获奖科研成果奖励基金”，给予科研成果奖励，充分鼓励实验室研究人员努力做好科学研究工作，提高学术水平。